You will need Java installed, of course.
これはS+V+O+Cの第5文型。
（約）→Javaがインストールされている必要があります。
And, since you are likely to want to use Jython class libraries from Jython, it is also likely that you will want the Java SDK.
ここは難しくない。
（約）→もちろんJavaをインストールする必要があります。JythonからJythonのクラスライブラリを使用したいでしょうから、Java SDKを欲しがることもありそうです。
Important: If more than one version of Java is installed on your machine, make sure that when you install Jython, you use the version of Java for which the SDK is installed and the version of Java that you will be using when you run Jython.
「make sure」以下のところがわかりにくいが、「that」が名詞節を導く接続詞で、「you use・・・」が直接の目的語になることがわかれば次のように和訳できる。
（約）→重要：Javaの複数のバージョンがマシンにインストールされている場合は、確かめてください（that）何を？→Jythonをインストールするときに、SDKがインストールされているJavaのバージョンと、Jythonを実行するときに使用するJavaのバージョンを使用することを（確かめてください）。
thatの後にwhenがあるので、ややこしい文章になっているが、（when you install Jython,）を隠してみれば、確かめる内容は(that you use・・・）だと解る。